Komisijas mērķis ir veicināt Latvijas un Igaunijas sociāli ekonomisko attīstību un kopēju stratēģisko mērķu sasniegšanu, sekmēt reģionu sadarbību specifisko pierobežas teritoriju problēmu risināšanā un sadarbības virzienu noteikšanu, kā arī veicināt abu valstu reģionu dalību Igaunijas–Latvijas pārrobežu sadarbības programmā 2007.-2013.gadam.

Pārrobežu sadarbības jautājumu risināšanai komisija ir izveidojusi četras tematiskās darba grupas:

• Sociālo un veselības aprūpes un glābšanas pakalpojumu pieejamības jautājumu darba grupa;
• Transporta un enerģētikas un apkārtējās vides jautājumu darba grupa;
• Izglītības, tūrisma un sporta jautājumu darba grupa;
• Darbaspēka kustības un nodokļu sistēmas jautājumu darba grupa.

Latvijas komisiju vada vides aizsardzības un reģionālās attīstības ministrs, tās sastāvā ir pašvaldību vadītāji, plānošanas reģionu pārstāvji un nozaru ministriju speciālisti. Igaunijas komisijas vadītājs ir reģionālās attīstības ministrs.

Pēdējā komisijas sēde notika 2011.gada 16.septembrī Valkā. Tikšanās laikā abas puses diskutēja par kopīgiem mērķiem pārrobežu sadarbības veicināšanai. Ar prezentācijām iespējams iepazīties šeit.